В ходе 58-й сессии Совета по правам человека ООН, которая проходит в Женеве, 21 марта состоялось выступление представителя Эстонской Православной Церкви епископа Тартуского Даниила, выразившего обеспокоенность подготовкой законопроекта о внесении поправок к эстонскому Закону о церквях и приходах.
«В настоящее время парламент Эстонии рассматривает закон, который запрещает нам иметь любые связи с религиозным центром в Российской Федерации. Однако мы не можем отказаться от канонической связи, так как это часть нашей веры», — заявил епископ Даниил.
Епископ Даниил также заявил о намерении начать активную правозащитную работу на международном уровне, чтобы добиться эффективной юридической и дипломатической реакции на угрозы свободе вероисповедания в связи с подготовкой этого закона, передает сайт Эстонской Православной Церкви. официальные власти Эстонии не отреагировали на выступление представителя ЭПЦ в ООН.
В начале 2024 года власти Эстонии объявили главу ЭПЦ МП митрополита Евгения (Решетникова) «риском для национальной безопасности», лишили вида на жительство и вынудили покинуть страну. Теперь архиерей управляет епархией из Москвы. В мае 2024 года эстонский парламент принял заявление, в котором Московский патриархат осуждается за поддержку специальной военной операции на Украине, и призвал ЭПЦ МП порвать связи с Московским патриархатом. ЭПЦ МЦ и Пюхтицкий Успенский женский монастырь подали в суд с намерением признать это заявление незаконным, но им не удалось добиться отмены решения парламента.
Глава синодального отдела по взаимоотношениям Церкви с обществом и СМИ Владимир Легойда заявлял, что власти Эстонии хотят уничтожить ЭПЦ МП и загнать верующих под юрисдикцию Константинопольского патриархата.
В январе 2025 года правительство Эстонии утвердило законопроект, который требует от религиозных организаций разорвать связи с зарубежными структурами, «угрожающими безопасности». Цель инициативы — отсечь ЭПЦ МП от духовного центра — Москвы. После утверждения законопроекта ЭПЦ МП подала заявление на смену названия на Эстонскую христианскую православную церковь. Суд отказал заявителям. По мнению суда, это наименование «вводит в заблуждение». Якобы оно заставляет думать, что «речь идёт о церкви, объединяющей всех православных верующих Эстонии».
В Эстонии на сегодня проживает около 100 тысяч православных верующих.